Bij een klein percentage van de mensen met PNH ontwikkelt de ziekte zich tot het Myelodysplastisch Syndroom (MDS) of tot acute myeloïde leukemie (AML). Als dit gebeurt (in 1-3 procent van de gevallen), dan vindt dit gemiddeld 5 tot 7 jaar na aanvang van de PNH plaats. Deze vorm van leukemie is moeilijk te behandelen. Gelukkig komt deze complicatie niet veel voor.